Personnellement, je remplis des noms différents ( on peut typer les noms, du coup je mets "nom à la naissance", "nom après reconnaissance", "nom d'adoption",...), mais si je n'ai pas de raison de douter de la paternité, je laisse tomber la "famille" de père inconnu.
Éventuellement, je le signale en note ("déclaré de père inconnu").