Après quelques nouvelles recherches j'ai trouvé une solution, je me réponds donc à moi-même en espérant que cela serve à d'autres. J'ai découvert dans la boîte à outil qui permet de regénérer la numérotation SOSA, une option permettant de regénérer la numérotation des entités (familles, individus, sources, etc.), justement pour palier aux respects hasardeux de certains logiciels envers la norme GEDCOM. Une petite exécution de cet outil m'a permis de retrouver une numérotation de mes familles conforme à celui utilisé par Ancestris.