Aucun logiciel ne fonctionne comme cela.
C'est peut-être dommage, mais pour le moment il n'est pas possible pour un logiciel de s'assurer avec certitude qu'une personne est bien la même, que les alliances, enfants de cette personne sont bien les mêmes, qu'une personne absente dans un fichier a été supprimée et pas "non créée".
On pourrait rajouter aussi que si on a un Jean DUPONT né le 15 mars 1730 et un Jean DUPONT né le 18 mars 1730, comment définir automatiquement si ce sont des doublons, une correction d'écriture et quelle date doit être retenue si on considère que ce sont des doublons.
Bref, tout pleins de question qu'un humain pourra décider, mais qu'un algorithme va être dans l'impossibilité de décider.
Pour en revenir à votre soucis, vous pouvez aussi utiliser la fonction "drag and drop".
Vous ouvrez les deux généalogies avant fusion et vous prenez un individu ou une famille d'une généalogie et vous la glisser à sa place dans la deuxième généalogie.
Zurga