Oui, c'est possible.
Vous sélectionnez ce que vous voulez garder dans une des généalogies et vous faites "Enregistrer sous" (puis "Copie partielle" en v12).
Sélectionnez les éléments à enregistrer et vous aurez un nouveau fichier avec la branche que vous voulez conserver.
Repartez du fichier d'origine et faites la même chose avec l'autre branche.
Zurga