Boa tarde,
Se bem percebi, criou os indivíduos, tem cópias dos registos e os dados gravados, mas não documentou as sua investigação.
Não deve ser um problema, basta criar as fontes, usando as cópias como referência. Terá depois de atribuir uma dessas fontes a cada peça de informação.
Pessoalmente, costumo criar uma fonte para cada livro paroquial, e.g. Paróquia X, Baptismos 1803. Como citação dessa fonte, utilizo a página e o número do assento, se existir. Nos livros mais antigos uso a posição, por exemplo, segundo assento da página esquerda.
Como repositório, que também deve ser criado, normalmente uso o arquivo distrital onde fiz a consulta.
Espero que tenha ajudado,
cumprimentos.