Pelo que tenho encontrado, há quem o faça das duas maneiras.
Eu faço uma fonte para cada livro paroquial, seguindo aproximadamente as directivas aqui discutidas:
https://www.evidenceexplained.com.
O documento, considero-o como sendo a citação da fonte. A vantagem é que podemos utilizar a mesma fonte para vários documentos, alterando só a citação para cada assento.
Por exemplo, os meus avós maternos são os dois da mesma terra e aproximadamente da mesma idade, pelo que há uma grande probabilidade de os assentos deles, dos pais deles, avós, etc. estarem nos mesmos livros paroquiais (entenda-se "fontes"). Basta-me depois adicionar os respectivos assentos como citação dessa fonte.
Aconselho a fazer como lhe parecer mais fácil. O importante mesmo, é documentar os seus achados.
Disponha sempre,
Cumprimentos